Powiatowym Urzędem Pracy we Wrześni kieruje jednoosobowo Dyrektor, który reprezentuje jednostkę na zewnątrz i ponosi odpowiedzialność za całokształt działalności. Dyrektora w czasie jego nieobecności zastępuje Zastępca Dyrektora.
W Powiatowym Urzędzie Pracy istnieją następujące komórki organizacyjne:
- Dział Finansowo – Księgowy (FK)
- Dział Organizacyjno – Administracyjny (OR)
- Dział Ewidencji, Świadczeń i Informacji (EW)
- Centrum Aktywizacji Zawodowej, w którego skład wchodzą (CAZ):
a) Dział Usług Rynku Pracy i Rozwoju Zawodowego
b) Dział Analiz, Instrumentów i Programów Rynku Pracy - Inspektor Ochrony Danych (IOD).