Strukturę i zasady wewnętrznej organizacji Powiatowego Urzędu Pracy we Wrześni określa Regulamin Organizacyjny przyjęty uchwałą nr 1808/2023 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 29.08.2023 r. PUP we Wrześni jest jednostką organizacyjną Powiatu Wrzesińskiego i wchodzi w skład powiatowej administracji zespolonej. Jednostką kieruje jednoosobowo dyrektor, który ponosi pełną odpowiedzialność przed starostą. Dyrektora w czasie jego nieobecności zastępuje zastępca dyrektora.
W Powiatowym Urzędzie Pracy funkcjonują komórki organizacyjne:
- Dział Finansowo – Księgowy (FK)
- Dział Organizacyjno – Administracyjny (OR)
- Dział Ewidencji, Świadczeń i Informacji (EW)
- Centrum Aktywizacji Zawodowej (CAZ), w którego skład wchodzą:
a) Dział Usług Rynku Pracy i Rozwoju Zawodowego,
b) Dział Analiz, Instrumentów i Programów Rynku Pracy - Samodzielne stanowisko ds. kadr i szkoleń (KS)
- Inspektor Ochrony Danych (IOD).