Strukturę i zasady wewnętrznej organizacji Powiatowego Urzędu Pracy we Wrześni określa Regulamin Organizacyjny przyjęty uchwałą nr 318/2025 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 26.05.2025 r. PUP we Wrześni jest jednostką organizacyjną Powiatu Wrzesińskiego i wchodzi w skład powiatowej administracji zespolonej. Jednostką kieruje jednoosobowo Dyrektor, który ponosi pełną odpowiedzialność przed Starostą. Dyrektora w czasie jego nieobecności zastępuje Kierownik Działu Organizacyjno-Administracyjnego.
W Powiatowym Urzędzie Pracy funkcjonują komórki organizacyjne:
- Dział Finansowo – Księgowy (FK)
- Dział Organizacyjno – Administracyjny (OR)
- Dział Ewidencji, Świadczeń i Informacji (EW)
- Centrum Aktywizacji Zawodowej (CAZ)
- Samodzielne stanowisko ds. kadr i szkoleń (KS)
- Inspektor Ochrony Danych (IOD).